皇太极其了进一步耗损城中的有生力量，搞了一次假声援，祖大寿盼望救兵心切，仓猝率军出城相迎，欲前后夹攻，实现突围，成果上了大当，被杀得大败，丧失非常惨痛，祖大寿再也不敢出城应战。
1631年（崇祯四年）农历七月，祖大寿受命于大凌河筑城保卫锦州，在他修了不到半个月，城墙雉堞还没修完时，皇太极雄师便兵临城下，将大凌河城包抄。祖大寿只好封闭城门，仓促应战。
皇太极命令停止打击松山，后金军返回盛京（今辽宁沈阳）。因而祖大寿又进入锦州驻守。
1642年（明崇祯十五年，清崇德七年）农历三月初，被围困了整整一年的锦州粮绝援尽，城中杀人相食的惨状再度重演。因而祖大寿在三月初八亲率部众开城出降。
大凌河之战
1642年（明崇祯十五年，清崇德七年）农历仲春，松山城破，洪承畴被俘以后解送盛京（今辽宁沈阳），洪承畴投降清朝。
皇太极在围困大凌河城十天后，便开端了对祖大寿的劝降事情。但祖大寿不为所动，对皇太极底子不予理采。
再次降清
1640年（明崇祯十三年，清崇德五年）农历蒲月，皇太极到义州观察，蒙古苏班岱等要求归降，皇太极命济尔哈朗等率军一千五百人前去驱逐。祖大寿得知清甲士少，号令游击戴明与松山总兵吴三桂、杏山总兵刘周智合兵七千人反击，却被济尔哈朗打败。
城中粮草仅够几天之用，围了不几天城中就断粮了。城中将士无不惊骇万状，祖大寿作过几次摸干脆的突围，都被金兵杀了归去。无法之下，只好坐困愁城，盼着援兵。
蔡东藩：”献城卖国卖友。“[16]
夏允彝：“大寿家富而勇，曾犯法，几被戮于承宗，赖崇焕力救，故相得甚欢。及为大帅，后辈皆贵为刘帅，仆人皆夷人、辽人，多善战。都下擅归，以崇焕下狱激之使然。而其母痛责之，其妻故妾也，亦持之甚坚，故仍为国用。永平规复、锦州力守，皆有功。但围既久，粮已竭，而援兵不起，遂以城降，而身自逃归。或云已输诚于东夷，已谓吾归即举八城尽降，故东夷纵之。然归而即为国恪守，虽其子在虏中不之顾也，亦非成心负国者。力守松山、杏〔山〕，与洪承畴被围年余，力竭而陷，遂致失节。”[14]
己巳之变
因而皇太极又亲身写信给祖大寿，他解释说：“畴昔杀辽民确有其事，我深为悔怨，我们早就不那样做了。至于永平屠城那是二贝勒阿敏所为，他是以也遭到了严惩，但愿你不要存此成见。但祖大寿等还是不信。
因而皇太极命多尔衮、济尔哈朗等带兵轮番攻锦州。1641年（明崇祯十四年，清崇德六年）农历三月，皇太极再次出兵围攻锦州。明蓟辽总督洪承畴率吴三桂等八总兵领兵十三万来援，驻扎在松山。皇太极亲率军队堵截明军粮道，明军大乱。清军顺势掩杀，总督洪承畴等被围于松山。
满门皆荣
皇太极于1631年（崇祯四年）农历十月七日和十月九日这两天前后致书祖大寿、何可纲、副将张存仁，劝其速降。但仍遭到祖大寿的回绝。
不久，崇祯天子号令祖大寿与山西总兵马世龙、山东总兵杨绍基会师，带领副将祖大乐、祖可法、张弘谟、刘天禄、曹恭诚等打击滦州，攻取滦州以后，进逼永平，贝勒阿敏等丢弃四周城池领兵返回后金。因而，祖大寿又回到锦州火线戍守。但祖大寿从不但成分开虎帐，恐怕叫东厂的间谍抓了去。[9]
祖大寿被授予汉军正黄旗总兵的职位。塔山、杏山也接踵落入清军之手。山海关外，仅存宁远一座孤城。祖大寿的外甥吴三桂既是明军事重镇宁远总兵，又是辽东提督，率领关外明军。皇太极让祖大寿写信招降吴三桂，吴三桂复书回绝。[2]