崇祯二年（1629年），驻守宁远的来自于川、湖等地的兵士因为军饷的事而叛变，袁崇焕用计将其安定。而后袁崇焕要求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检死力奖饰祖大寿等三人的才气，并说本身五年复辽的打算端赖这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，本身到司法部分领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。[28]
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万别离进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后带领祖大寿、何可刚入关保卫，所颠末的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。天子朱由检得知后非常欢畅，命令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领批示各地救兵。[34]
袁崇焕杀了毛文龙以后，惊骇他的部下叛变，因而增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，民气背叛，难以利用，而后会导致叛离。袁崇焕上书给明廷：“东江镇是管束仇敌所必须依托的。现肯定两协的体例，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”天子朱由检对兵员减少军饷却增加的事感情应疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就承诺了他。[33]