后金军从宁远撤退后增加锦州的守势，但仍旧没法霸占，并且伤亡惨痛，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。而后金军撤兵时顺道破坏大小凌河二城。[24]
但不久以后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[35]巡抚王元雅、总兵朱国彦他杀而死。后金军超出蓟州往西，直逼都城，袁崇焕忙率兵保护京师。朱由检召见袁崇焕，犒赏御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途驰驱，怠倦不已，要求入城休整，但遭到回绝。因而袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。[36]袁崇焕令戴承恩在广渠门布阵，祖大寿于南面布阵，王承胤在西北布阵，袁崇焕在西面布阵以备战，中午时候，清马队从东南面打击，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。后金兵力战祖大寿不下，因而撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵停止追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。出兵后，朱由检用酒食犒赏军队。[37]袁崇焕有调派任守忠带领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之威遂解。[38]
己巳之变
袁崇焕惊骇本身去往边关今后，朝廷中不免有人会再次诽谤本身，因而将此事奉告朱由检，朱由检在大学士刘鸿训等人的建议下，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给袁崇焕。鉴于此前熊廷弼、孙承宗都因为遭到架空谗谄，使本身的志愿难以伸展，袁崇焕因而又上书说：“规复辽地的战略，不过乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，戍守是正规的战略，攻战是变通的战略，和议是帮助战略的说法。法律在循序渐进而不在突变大进，在寻务实效而不在妄图浮名。这是臣与诸边防官员所能做到的。至於挑选用人的入，与被人用的人，都是皇上把握此中的关头。怎麽才气用人而不三心二意，信赖而不思疑？因为把握边防大臣与朝廷大臣分歧，军中可惊可疑的事特别多，只该当议论成败的大局，不必摘取一言一行的藐小不对。事情的任务既然严峻，招致痛恨实在多。各种无益於边陲的事情，都是倒霉於本身的。何况谋取仇敌急，仇敌亦从而诽谤，是以作边陲的大臣很难。陛下珍惜臣体味臣，臣何必过於疑虑惊骇，但心中有所危惧，不敢不奉告。”朱由检发优诏答覆袁崇焕，并犒赏蟒袍玉带、银币，但袁崇焕上疏推不接管辞蟒袍玉带。[27]
同年蒲月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设席与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有发觉到袁崇焕的来意。袁崇焕发起变动虎帐轨制，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不欢畅，袁崇焕用回籍来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意义，但只要我晓得辽东的事件，辽东的事情处理后，朝鲜衰弱，能够攻击占有。”袁崇焕对毛文龙的答复感到不欢畅。[30]
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万别离进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后带领祖大寿、何可刚入关保卫，所颠末的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。天子朱由检得知后非常欢畅，命令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领批示各地救兵。[34]
尤世禄刚要整备解缆，后金军又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼戍守，在濠沟内排布阵营，用炮远间隔轰击。而满桂、尤世禄、祖大寿在城外与后金军搏战，死伤比较多，满桂也中箭负伤。[23]