崇祯二年（1629年），驻守宁远的来自于川、湖等地的兵士因为军饷的事而叛变，袁崇焕用计将其安定。而后袁崇焕要求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚替代朱梅驻宁远，赵率教守关门，袁崇焕自驻宁远，同时上书给朱由检死力奖饰祖大寿等三人的才气，并说本身五年复辽的打算端赖这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，本身到司法部分领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，并赐给蟒衣银币。[28]
崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万别离进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后带领祖大寿、何可刚入关保卫，所颠末的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。天子朱由检得知后非常欢畅，命令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领批示各地救兵。[34]
崇祯二年（1629年），袁崇焕以东江毛文龙固然能管束后金军，但毛文龙破钞的赋税实在太大，袁崇焕上书要求让朝廷派人来办理毛文龙部的军饷，毛文龙不喜好有文官监制着本身，因而上书辩论。而后毛文龙前来拜见袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼欢迎毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕因而决定杀掉毛文龙。[29]
宁锦之战后，满桂、赵率教等人都获得了应有的犒赏，但袁崇焕却因为魏忠贤让他的翅膀弹劾袁崇焕不救济锦州，论功行赏时，只给袁崇焕增加一级官阶。尚书霍维华为此感到不平，上疏祈求辞去荫袭子孙的犒赏，但魏忠贤不准。七月，袁崇焕去官回籍。明廷以王之臣代替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
后金军从宁远撤退后增加锦州的守势，但仍旧没法霸占，并且伤亡惨痛，六月，后金军撤兵，史称“宁锦大捷”。而后金军撤兵时顺道破坏大小凌河二城。[24]
同年蒲月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设席与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙没有发觉到袁崇焕的来意。袁崇焕发起变动虎帐轨制，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不欢畅，袁崇焕用回籍来打动他，毛文龙说：“我向来有这个意义，但只要我晓得辽东的事件，辽东的事情处理后，朝鲜衰弱，能够攻击占有。”袁崇焕对毛文龙的答复感到不欢畅。[30]
袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其辩论，袁崇焕厉声斥责毛文龙，命令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不平，袁崇焕因而列数毛文龙的十二条罪行，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。[32]
袁崇焕惊骇本身去往边关今后，朝廷中不免有人会再次诽谤本身，因而将此事奉告朱由检，朱由检在大学士刘鸿训等人的建议下，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给袁崇焕。鉴于此前熊廷弼、孙承宗都因为遭到架空谗谄，使本身的志愿难以伸展，袁崇焕因而又上书说：“规复辽地的战略，不过乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，戍守是正规的战略，攻战是变通的战略，和议是帮助战略的说法。法律在循序渐进而不在突变大进，在寻务实效而不在妄图浮名。这是臣与诸边防官员所能做到的。至於挑选用人的入，与被人用的人，都是皇上把握此中的关头。怎麽才气用人而不三心二意，信赖而不思疑？因为把握边防大臣与朝廷大臣分歧，军中可惊可疑的事特别多，只该当议论成败的大局，不必摘取一言一行的藐小不对。事情的任务既然严峻，招致痛恨实在多。各种无益於边陲的事情，都是倒霉於本身的。何况谋取仇敌急，仇敌亦从而诽谤，是以作边陲的大臣很难。陛下珍惜臣体味臣，臣何必过於疑虑惊骇，但心中有所危惧，不敢不奉告。”朱由检发优诏答覆袁崇焕，并犒赏蟒袍玉带、银币，但袁崇焕上疏推不接管辞蟒袍玉带。[27]