袁崇焕斩毛文龙后，可说是为后金长驱南下消弭了后顾之忧，三个月后就产生了后金兵临北都城下的“己巳之变”——后金约十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京。
到了这个时候，袁崇焕就以阅兵为名，乘船达到双岛，毛文龙前来会晤。袁崇焕同他设席喝酒、行乐，常常到半夜才罢，毛文龙没有发觉袁崇焕的意义。袁崇焕同他筹议变动营制，设立监司，毛文龙很不欢畅。袁崇焕用离职返乡劝说他，毛文龙答复说：“之前有这个意义，但现在只要我体味东部战事，等东部战役结束，朝鲜衰弱，能够一举而占有。”袁崇焕更加不欢畅，就在六月五日这天聘请毛文龙来旁观将士们射箭，先在山上设了帷帐，号令参将谢尚政等安排身穿铠甲的兵士埋伏在帐外。毛文龙来后，他部下的兵士不能进帐里来。袁崇焕说：“我明天解缆，外洋的事情全依托在您身上了，请受我一拜。”相互拜见以后，一起登上山来。袁崇焕问起他随参军官的姓名，多是姓毛的。毛文龙说：“这些人都是我的孙子。”袁崇焕笑了，说道：“你们在外洋劳苦多日，每月禄米也只要那么一斛，提及来痛心呢，也请受我一拜，大师都为国度极力。”这些人都叩首伸谢。
至十八万两银子。但是岛上的兵落空主帅后，垂垂地散了心，更加不成征用了。今后直至有叛变投敌的。袁崇焕上书说：“东江一镇，想管束仇敌还必须借助它。今定为两协，马军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”崇祯因为兵减少粮饷增加很有点情感，因为袁崇焕，就特别地按他的要求办了。
袁崇焕就此诘问毛文龙几桩违令的事情，毛文龙做了对抗性的辩白。袁崇焕大声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，毛文龙仍很倔强。袁崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，晓得吗？按我朝祖宗定下来的轨制，大将领兵在外，必须接管文官的监督。你在这边一人□□，军马赋税都不接管查对，一该杀。大臣的罪没有比棍骗君主更大的，你奉上奏章全都蒙骗，殛毙投降的兵士和灾黎，冒充军功，二该杀。大臣没有本身的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给兵士，每月只披发三斗半米，侵犯军粮，四该杀。私行在皮岛开设马市，擅自和本国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随便发给布帛上千匹，走狗、轿夫都穿戴品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫夺商船，本身做了盗贼，七该杀。强娶官方女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。差遣灾黎远远去帮你盗窃人参，不平从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战得胜，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能光复一寸地盘，坐地张望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩首请免他一死。袁崇焕召他的部将来讲：“毛文龙如许的罪行，该不该杀他？”大师都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道毛文龙数年劳苦的，袁崇焕怒斥说：“毛文龙本是一个布衣百姓罢了，官做得最高，百口都得以荫封，充足报他的辛苦了，他如何就如许悖乱违逆呢！”接着就叩首要求天子的旨意说：“我明天杀毛文龙以清算军纪。将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能胜利的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”因而取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来。出来奉告他的将士们说：“只杀毛文龙一小我，其别人都没有罪。”