卢芳自昌平还，内自疑惧，遂复反，与闵堪相攻连月，匈奴遣数百骑迎芳出塞。芳留匈奴中十馀年，病死。
安平侯盖延薨。
郭后宠衰，数抱恨怼，上怒之。冬，十月，辛巳，废皇后郭氏，立朱紫阴氏为皇后。诏曰：“非常之事，非国休福，不得上寿称庆。”郅惲言于帝曰：“臣闻佳耦之好，父不能得之于子，况臣能得之于君乎！是臣所不敢言。固然，愿陛下念其可否之计，无令天下有议社稷罢了。”帝曰：“惲善恕己量主，知我必不有所摆布而轻天下也！”帝进郭后子右翊公辅为中山王，以常山郡益中山国，郭后为中山太后，其馀九国公皆为王。
卢芳入朝，南及昌平，有诏止，令更朝明岁。
交趾麊泠县雒将女子征侧，甚雄勇，交趾太守苏定以法绳之，征侧忿怨。
匈奴、鲜卑、赤山乌桓数连兵入塞，杀略吏民；诏拜襄贲令祭肜为辽东太守。肜有勇力，虏每犯塞，常为士卒锋，数破走之。肜，遵之从弟也。
马援进击征侧馀党都阳等，至居风，降之；峤南悉平。援与越人申明旧制以束缚之，自后骆越推行马将军故事。
闰月，戊申，进赵、齐、鲁三公爵皆为王。
蒲月，旱。
三月，辛丑晦，日有食之。秋，玄月，河南尹张伋及诸郡守十馀人皆坐度田不实，下狱死。后上安闲谓虎贲中郎将马援曰：“吾甚恨前杀守、相多也！”对曰：“死得其罪，何多之有！但死者既往，不成复活也！”上大笑。
建武十六年庚子，公元四零年春，仲春，征侧与其妹征贰反，九真、日南、合浦蛮俚皆应之，凡略六十五城，自主为王，都麊泠。交趾刺史及诸太守仅得自守。
建武十九年癸卯，公元四三年春，正月，庚子，追尊宣帝曰中宗。始祠昭帝、元帝于太庙，成帝、哀帝、平帝于长安，舂陵节侯以下于章陵；其长安、章陵，皆太守、令、长侍祠。
夏，四月，甲戌，车驾还宫。
是岁，罢州牧，置刺史。
甲寅，上行幸长安；三月，幸蒲坂，祠后土。
妖贼李广攻没皖城，遣虎贲中郎将马援、骠骑将军段志讨之。秋，玄月，破皖城，斩李广。
吴汉发广汉、巴、蜀三郡兵，围成都百馀日，秋，七月，拔之，斩史歆等。汉乃乘桴沿江下巴郡，杨伟等惶恐闭幕。汉诛其渠帅，徙其党与数百家于南郡、长沙而还。
建武十七年辛丑，公元四一年春，正月，赵孝公良薨。初，怀县大姓李子春二孙杀人，怀令赵熹穷治其奸，二孙他杀，收系子春。京师贵戚为请者数十，熹终不听。及良病，上临视之，问所欲言，良曰：“素与李子春厚，今犯法，怀令赵熹欲杀之，愿乞其命。”帝曰：“吏奉法律，不成枉也。更道它所欲。”良无复言。既薨，上追思良，乃贳出子春。迁熹为平原太守。仲春，乙未晦，日有食之。
袁弘论曰：夫建太子，以是重宗统，一民气也，非有大恶于天下，不成移也。世祖复兴汉业，宜遵正道觉得后法。今太子之德未亏于外，内宠既多，嫡子迁位，可谓失矣。然东海归藩，谦恭之心弥亮；明帝承统，友于之情愈笃。虽长幼易位，荣枯分歧，父子兄弟，至性无间。夫以三代之道处之，亦何故过乎！
征侧等寇乱比年，诏长沙、合浦、交趾具车船，修道桥，通障豨，储粮谷，拜马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副，南击交趾。
帝以天下垦田多不以实自占，又户口、年纪互有增减，乃诏下州郡检点。因而刺史、太守多为诈巧，苟以度田为名，聚民田中，并度庐屋、里落，民遮道啼呼；或优饶豪右，侵刻赢弱。时诸郡各遣使奏事，帝见陈留吏牍上有书，视之云：“颍川、弘农可问，河南、南阳不成问。”帝诘吏由趣，吏不肯服，抵言“于长奉街上得之”，帝怒。时东海公阳年十二，在幄后言曰：“吏受郡敕，当欲以垦田相方耳。”帝曰：“即如此，何故言河南、南阳不成问？”对曰：“河南帝城，多近臣；南阳帝乡，多远亲；田宅逾制，不成为准。”帝令虎贲将诘问吏，吏乃实首服，如东海公对。上由是益奇爱阳。遣谒者考实二千石长吏阿枉不平者。