帝以关中不决，而邓禹久不进兵，赐书责之曰：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏民遑遑无所依归，宜以时进讨，镇慰西京，系百姓之心。”禹犹执前意，别攻上郡诸县，更征兵引谷，归至大抵。积弩将军冯愔、车骑将军宗歆守栒邑，二人争权相攻，愔遂杀歆，因反击禹，禹遣使以闻。帝问令人：“愔所敬爱为谁？”对曰：“护军黄防。”帝度愔、防不能久和，必将相忤，因报禹曰：“缚冯愔者，必黄防也。”乃遣尚书宗广持节往降之。后月馀，防果执愔，将其众归咎。更始诸将王匡、胡殷、成丹等皆诣广降，广与东归；至安邑，道欲亡，广悉斩之。愔之叛也，引兵西向天水；隗嚣逆击，破之于高平，尽获其辎重。因而禹承制遣使持节命嚣为西州大将军，得独裁凉州、朔方事。
初，平陵窦融累世官吏河西，知其土俗，与更始右大司马赵萌善，私谓兄弟曰：“天下安危未可知。河西殷富，带河为固，张掖属国精兵万骑，一旦缓急，根绝河津，足以自守，此遗种处也！”乃因萌求往河西。萌荐融于更始，觉得张掖属都城尉。融既到，抚结雄桀，怀辑羌虏，甚得其欢心。是时，酒泉太守安宁梁统、金城太守库钧、张掖都尉茂陵史苞、酒泉都尉竺曾、敦煌都尉辛肜，并州郡漂亮，融皆与厚善。及更始败，融与梁统等计议曰：“今天下扰乱，未知所归。河西斗绝在羌、胡中，分歧心戮力，则不能自守，权钧力齐，复无以相率，当推一报酬大将军，共全五部，观时变动。”议既定，而各谦让。以位次，咸共推梁统；统固辞，乃推融行河西五郡大将军事。武威太守马期、张掖太守任仲并伶仃无党，乃共移书布告之，二人即解印绶去。因而以梁统为武威太守，史苞为张掖太守，竺曾为酒泉太守，辛肜为敦煌太守。融居属国，领都尉职仍旧；置处置，监察五郡。河西风俗朴素，而融等政亦宽和，高低相亲，晏然富殖。修兵马，习战射，明烽燧，羌、胡犯塞，融辄自将与诸郡相救，皆如符要，每辄破之。厥后羌、胡皆震服亲附，内郡流民避凶饥者归之不断。
起高庙于洛阳，四时合祀高祖、太宗、世宗；建社稷于宗庙之右；立郊兆于城南。
刘恭知赤眉必败，密教弟盆子归玺绶，习为推让之言。及正旦大会，恭先曰：“诸君共立恭弟为帝，德诚深厚！立且一年，殽乱日甚，诚不敷以相成，恐死而无益，愿得退为庶人，更求贤知，唯诸君省察！”樊崇等谢曰：“此者崇等罪也。”恭复固请，或谓：“此宁式侯事邪？”恭惶恐起去。盆子乃下床解玺绶，叩首曰：“今设置县官而为贼仍旧，四方痛恨，不复书向，此皆立非其人而至。愿乞骸骨，避贤圣路！必欲杀盆子以塞责者，无所离死！”因涕零嘘唏。崇等及会者数百人，莫不哀怜之，乃皆避席顿首曰：“臣无状，负陛下，请自今已后，不敢复放纵！”因共抱持盆子，带以玺绶；盆子号呼，不得已。既罢出，各闭营自守。三辅翕然，称天子聪明，百姓争还长安，市里且满。后二十馀日，复出，大掠仍旧。
庚辰，悉封诸功臣为列侯；梁侯邓禹、广平侯吴汉皆食四县。博士丁恭议曰：“古者封诸侯不过百里，强干弱枝，所觉得治也。今封四县，分歧法制。”帝曰：“古之亡国皆以无道，何尝闻功臣地多而灭亡者也。”阴乡侯阴识，朱紫之兄也，以军功当增封，识叩首让曰：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不成以示天下。此为亲戚受赏，国人计功也。”帝从之。帝令诸将各言所乐，皆占美县；河南太守颍川丁綿独求封本乡。或问其故，綿曰：“綿能薄功微，得乡亭厚矣！”帝从其志，封新安乡侯。帝使郎中魏郡冯勤典诸侯封事，勤差量功次轻重，国土远近，阵势丰薄，不相超越，莫不厌服焉。帝觉得能，尚书众事皆令总录之。故事：尚书郎以令史久次补之，帝始用孝廉为尚书郎。