初，帝从更始在宛，纳新野阴氏之女丽华。是岁，遣使迎丽华与帝姊湖阳公主、妹宁平公主俱到洛阳；以丽华为朱紫。更始西平王李通先娶宁平公主，上征通为卫尉。
真定王杨造谶记曰：“赤九以后，癭杨为主。”杨病癭，欲以惑众；与绵曼贼交通。帝遣骑都尉陈副、游击将军邓隆征之，杨闭城门不内。帝复遣前将军耿纯持节行幽、冀，所过劳慰王、侯，密敕收杨。纯至真定，止传舍，邀杨相见。纯，真定宗室之出也，故杨不觉得疑，且自恃众强，而纯意温馨，即从官属诣之；杨兄弟并将轻兵在门外。杨入，见纯，纯接以礼敬，因延请其兄弟皆入，乃闭阁，悉诛之，因勒兵而出。真定慑伏，无敢动者。帝怜杨谋未发而诛，复封其子为真定王。
大司空王梁屡违诏命，帝怒，遣尚书宗广持节即军中斩梁；广槛车送京师。既至，赦之，觉得中郎将，北守箕关。
刁子都为其部曲所杀，馀党与诸贼会檀乡，号檀乡贼，寇魏郡、清河。魏郡大吏李熊弟陆谋反城迎檀乡，或以告魏郡太守颍川铫期，期召问熊，熊叩首首服，愿与老母俱就死。期曰：“为吏傥不若为贼乐者，可归与老母往就陆也！”使吏送出城。熊行，求得陆，将诣邺城西门；陆不堪愧感，他杀以谢期。期嗟叹，以礼葬之，而还熊故职。因而郡中服其威望。帝遣吴汉率王梁等九将军击檀乡于邺东漳水上，大破之，十馀万众皆降。又使梁与大将军杜茂将兵安辑魏郡、清河、东郡，悉平诸营保，三郡平静，边路畅通。
仲春，己酉，车驾幸修武。
腊日，赤眉设乐大会，酒未行，群臣更相辩斗；而兵众遂各逾宫，斩关入，掠酒肉，相互杀伤。卫尉诸葛穉闻之，勒兵入，格杀百馀人，乃定。刘盆子惶恐，日夜啼泣，从官皆怜之。
建武二年丙戌，公元二六年春，正月，甲子朔，日有食之。
庚辰，悉封诸功臣为列侯；梁侯邓禹、广平侯吴汉皆食四县。博士丁恭议曰：“古者封诸侯不过百里，强干弱枝，所觉得治也。今封四县，分歧法制。”帝曰：“古之亡国皆以无道，何尝闻功臣地多而灭亡者也。”阴乡侯阴识，朱紫之兄也，以军功当增封，识叩首让曰：“天下初定，将帅有功者众，臣托属掖廷，仍加爵邑，不成以示天下。此为亲戚受赏，国人计功也。”帝从之。帝令诸将各言所乐，皆占美县；河南太守颍川丁綿独求封本乡。或问其故，綿曰：“綿能薄功微，得乡亭厚矣！”帝从其志，封新安乡侯。帝使郎中魏郡冯勤典诸侯封事，勤差量功次轻重，国土远近，阵势丰薄，不相超越，莫不厌服焉。帝觉得能，尚书众事皆令总录之。故事：尚书郎以令史久次补之，帝始用孝廉为尚书郎。
刘恭知赤眉必败，密教弟盆子归玺绶，习为推让之言。及正旦大会，恭先曰：“诸君共立恭弟为帝，德诚深厚！立且一年，殽乱日甚，诚不敷以相成，恐死而无益，愿得退为庶人，更求贤知，唯诸君省察！”樊崇等谢曰：“此者崇等罪也。”恭复固请，或谓：“此宁式侯事邪？”恭惶恐起去。盆子乃下床解玺绶，叩首曰：“今设置县官而为贼仍旧，四方痛恨，不复书向，此皆立非其人而至。愿乞骸骨，避贤圣路！必欲杀盆子以塞责者，无所离死！”因涕零嘘唏。崇等及会者数百人，莫不哀怜之，乃皆避席顿首曰：“臣无状，负陛下，请自今已后，不敢复放纵！”因共抱持盆子，带以玺绶；盆子号呼，不得已。既罢出，各闭营自守。三辅翕然，称天子聪明，百姓争还长安，市里且满。后二十馀日，复出，大掠仍旧。