三月，壬寅，以司直伏湛为大司徒。
帝谓太中大夫来歙曰：“今西州未附，子阳称帝，道里阻远，诸将方务关东，思西州方略，未知地点，何如？”歙曰：“臣尝与隗嚣相遇长安。其人始起，以汉为名。臣愿得奉威命，开以丹青之信，嚣必束手自归。则述自亡之势，不敷图也！”帝然之，始令歙使于嚣。嚣既有功于汉，又受邓禹爵署，其腹心议者多劝通使京师，嚣乃奉奏诣阙。帝报以殊礼，言称字，用敌国之仪，以是安慰之甚厚。
辛巳，立四亲庙于雒阳，祀父南顿君以上至春陵节候。
王莽末，天下乱，临淮大尹河南侯霸独能保全其郡。帝征霸会寿春，拜尚书令。时朝廷无端典，又少旧臣，霸明习故事，收录遗文，条奏宿世善政法度，实施之。
秋，七月，丁亥，上幸谯，遣捕虏将军马武、骑都尉王霸围刘纡、周建于垂惠。董宪将贲休以兰陵降；宪闻之，自郯围之。盖延及平狄将军山阳庞萌在楚，请往救之。帝敕曰：“可直往捣郯，则兰陵自解。”延等以贲休城危，遂先赴之。宪逆战而阳败退，延等因拔围入城。明日，宪大出兵合围；延等惧，遽出突走，因往攻郯。帝让之曰：“间欲先赴郯者，以其不料故耳。今既驰驱，贼计已立，围岂可解乎！”延等至郯，果不能克；而董宪遂拔兰陵，杀贲休。
蒲月，上幸元氏，辛巳，幸卢奴，将亲征彭宠。伏湛谏曰：“今兖、豫、青、冀，中国之都，而寇贼纵横，未及从化。渔阳边外荒耗，岂足先图！陛下舍近务远，弃易求难，诚臣之所惑也！”上乃还。
耿弇安闲言于帝，自请北收上谷兵未发者，定彭宠于渔阳，取张丰于涿郡，还收富平、获索，东攻张步，以平齐地。帝壮其意，许之。
十一月，乙未，帝还自春陵。
仲春，壬子，上行幸怀；壬申，还雒阳。
八月，戊午，上幸寿春，遣扬武将军南阳马成，率诛虏将军南阳刘隆等三将军发会稽、丹杨、九江、六安四郡兵击李宪。玄月，围宪于舒。
建武四年戊子，公元二八年正月，甲申，大赦。
帝幸怀。
十一月，丙申，上行幸宛。
建武五年己丑，公元二九年春，正月，癸巳，车驾还宫。
泰山豪杰多与张步连兵。吴汉荐强驽大将军陈俊为泰山太守，击破步兵，遂定泰山。
赤眉馀众东向宜阳。甲辰，帝亲勒六军，严阵以待之。赤眉忽遇雄师，惊震不知所谓，乃遣刘恭乞降曰：“盆子将百万众降陛下，何故待之？”帝曰：“待汝以不死耳！”丙午，盆子及丞相徐宣以下三十馀人肉袒降，上所得传国玺绶。积兵甲宜阳城西，与熊耳山齐。赤眉众尚十馀万人，帝令县厨皆赐食。明旦，大陈兵马临雒水，令盆子君臣列而观之。帝谓樊崇等曰：“得无悔降乎？朕今遣卿归营，勒兵鸣鼓相攻，决其胜负，不俗强相服也。”徐宣等叩首曰：“臣等出长安东京都，君臣计议，归命圣德。百姓可与胜利，难与图始，故不告众耳。本日得降，犹去虎口归慈母，诚欢诚喜，无所恨也！”帝曰：“卿所谓铁中铮铮，佣中佼佼者也。”戊申，还自宜阳。帝令樊崇等各与老婆居雒阳，赐之田宅。厥后樊崇、逢安反，诛；杨音、徐宣卒于乡里。帝怜盆子，觉得赵王郎中；后病失明，赐荥阳均输官地，使食其税毕生。刘恭为更始报仇，杀谢禄，自系狱；帝赦不诛。