建武五年己丑，公元二九年春，正月，癸巳，车驾还宫。
仲春，壬子，上行幸怀；壬申，还雒阳。
帝自将征邓奉，至堵阳。奉逃归渦阳，董訢降。夏，四月，帝追奉至小长安，与战，大破之；奉肉袒因朱祜降。帝怜奉旧功臣，且衅起吴汉，欲全宥之。岑彭、耿弇谏曰：“邓奉背恩反逆，暴师经年，陛下既至，不知悔善，而亲在行陈，兵败乃降；若不诛奉，无以惩恶！”因而斩之。复朱祜位。
公孙述聚兵数十万人，积粮汉中；又造十层楼船，多刻天下牧守印章。遣将军李育、程乌将数万众出屯陈仓，就吕鲔，将徇三辅；冯异迎击，大破之，育、乌俱奔汉中。异还，击破吕鲔，营保降者甚众。是时，隗嚣遣兵佐异有功，遣使上状，帝报以手书曰：“慕乐德义，思相笼络。昔文王三分，犹伏侍殷，但驽马、铅刀，不成强扶，数蒙伯乐一顾之价。将军南拒公孙之兵，北御羌、胡之乱，是以冯异西征，得以数千百人踯躅三辅。微将军之助，则咸阳已为它人禽矣！如令子阳到汉中，三辅愿因将军兵马，鼓旗相称。傥肯如言，即智士计功割地之秋也！管仲曰：‘生我者父母，成我者鲍子。’自今今后，手书相闻，勿用傍人间构之言。”厥后公孙述数遣将间出，嚣辄与冯异合势，共摧挫之。述遣使以大司空、扶安王印绶授嚣；嚣斩其使，出兵击之，以故蜀兵不复北出。
帝谓太中大夫来歙曰：“今西州未附，子阳称帝，道里阻远，诸将方务关东，思西州方略，未知地点，何如？”歙曰：“臣尝与隗嚣相遇长安。其人始起，以汉为名。臣愿得奉威命，开以丹青之信，嚣必束手自归。则述自亡之势，不敷图也！”帝然之，始令歙使于嚣。嚣既有功于汉，又受邓禹爵署，其腹心议者多劝通使京师，嚣乃奉奏诣阙。帝报以殊礼，言称字，用敌国之仪，以是安慰之甚厚。
十一月，乙未，帝还自春陵。
帝遣建义大将军朱祜、建威大将军耿弇、征虏将军祭遵、骁骑将军刘喜讨张丰于涿郡。祭遵先至，急攻丰；禽之。初，丰好方术，有羽士言丰当为天子，以五彩囊裹石系丰肘，云，“石中有玉玺”。丰信之，遂反。既执，当斩，犹曰：“肘石有玉玺。”傍报酬椎破之，丰乃知被诈，仰天叹曰：“当死无恨！”上诏耿弇进击彭宠。弇以父况与宠同功，又兄弟无在京师者，不敢独进，求诣雒阳。诏报曰：“将军举宗为国，服从尤著，何嫌何疑，而欲求征！”况闻之，更遣弇弟国入侍。时祭遵屯良乡，刘喜屯阳乡，彭宠引匈奴兵欲击之；耿况使其子舒袭破匈奴兵，斩两王，宠乃退走。
建武三年丁亥，公元二七年春，正月，甲子，冯异为征西大将军。邓禹惭于受任无功，数以饥卒徼赤眉战，辄倒霉；乃率车骑将军邓弘等自河北度至湖，要冯异共攻赤眉。异曰：“异与贼相拒数旬日，虽虏获雄将，馀众尚多，可稍以恩信倾诱，难卒用兵破也。上今使诸将屯渑池，要其东，而异击其西，一举取之，此万成计也！”禹、弘不从，弘遂大战移日。赤眉阳败，弃辎重走；车皆载土，以豆覆其上，兵士饥，争夺之。赤眉引还，击弘，弘军溃乱；异与禹合兵救之，赤眉小却。异以士卒饥倦，可且休。禹不听，复战，大为所败，死伤者三千馀人，禹以二十四骑脱归宜阳。异弃马步走，上回溪孤，与麾下数人归营，收其散卒，复坚壁自守。
是岁，李宪称帝，置百官，拥九城，众十馀万。
吴汉率骠骑大将军杜茂等七将军，围苏茂于广乐，周建调集得十馀万人救之。汉迎与之战，倒霉，堕马伤膝，还营；建等遂连兵入城。诸将谓汉曰：“大敌在前，而公伤卧，众心惧矣！”汉乃勃然裹创而起，椎牛飨士，慰勉之，士气自倍。旦日，苏茂、周建出兵围汉；汉奋击，大破之，茂走还湖陵。睢阳人反城迎刘永，盖延率诸将围之；吴汉留杜茂、陈俊守广乐，自将兵助延围睢阳。