翌年，黄巾帅管亥寇北海，破剧县，围融都昌。融素无军略，既不能御，但日堕泪待死耳。勋乃自请赴平原请刘备相救，时太史慈在都昌，亦与同行。备见而喜曰：“孔北海亦识仆乎？”遣将关羽驰援。及至，勋以兵势相逼，说管亥撤围南下，以全妇孺，亥感其诚，从之，围乃得解。
是勋字宏辅，北海营陵人也。原姓氏，父伊，汉熹平中为乐浪太守吴凤辟为僚属，勋亦从父远途，遂家焉。初平元年，郡守甘陵张岐与伊不睦，出兵收捕，害之。勋年十八，匿草中得活，乃渡海投从父仪。时仪为北海相孔融属吏，因融言更姓为是，勋亦从之。勋至，为亲举哀，痛毁过礼，至口不能言数月，其仁孝若此，时人誉之，融亦爱其诗文，称为“小友”。
操征孙权，使勋留守。时鲁肃清除江面，雄师渡江，勋驰书操，献策“南人归南，北人归北”，诽谤孙氏僚属。权之降附，颇赖勋策。
曹操方围管亥于济北，遇勋，勋乃说操曰：“将军前在东郡，劈面之敌唯董卓余孽耳，且袁氏兄弟相争，冀州以将军保其侧，将军与冀州正相犄角也，是虽无盘石之安，亦无睫瞬之祸。今既得兖州，其地前被黄巾，城邑残破，士庶离散，将军之卒未几于曩时，而遽得此土，斯为众矢之的也，且冀州岂不虑将军势大难制耶？倘袁术发兵入兖，冀州能为援否？而西有李、郭汜，东有徐方胜兵，屈于四战之地，窃觉得将军之势，可谓日薄西山矣。然否极而泰来，危深或可安。夫黄巾之乱，乃在豪强兼并，百姓失田，故不得不揭竿而起，成朋分豆剖之势。将军诚能从勋计，赦亥等极刑，纳其部众，授土屯田，则一日之间可得户三十万，胜兵十万，兖土亦安。陶牧垂老迈矣，所虑者唯保其子继嗣徐州耳，若将军遣使联盟，贷良种、耕牛于徐州，必无不从之理。则将军内抚黄巾，外结徐方，一二岁中，兵乃微弱，可南取豫州以讨袁术，西进河南规复故都，逐鹿天下，合法时也。”
“神器至大，有德乃居，汉家泽被，莫敢不从。然前天子归于雒中，绍鄙勤王之勋；车驾迁乎许县，反起觊觎之意。其刻剥河北，甸报酬罄，骤做祸乱，淫刑斯逞。罄南山之竹，书罪未穷；决东海之波，流恶难尽。是乃穷奇灾于上国，暴于中原，若逞其恶，则三河纵封豕之贪，四海被长蛇之毒，斯百姓歼亡，殆无遗类。
高以郭援侵端氏，勋将郡兵及匈奴兵袭太原，破永安。匈奴左谷蠡王潘六奚以尝为勋掳于偃师，深衔恨之，因而叛归署雁门太守郭，与军共围永安。先是，勋客谢徵制火药，勋至河东，乃密建工坊，造火箭车，箭尾以药引火助推，一车可十二箭齐发，射百步，车又饰以凶怪猛兽。至是乃以之御，兵大惊，觉得神异，自相扰乱，勋趁机掩击，会城外援至，乃大破之，诛潘六奚，获郭。勋以呼厨泉束缚不谨，又颇疑彼与去卑故纵奚，乃设想执之，迫其返平阳四县，迁匈奴兵于平周、离石。进据祁县，将兵来攻，时子淮在军中，勋命作书致淮，淮即背叛，军大乱。而勋亦以势众，祁县城小终不能守，乃乘间退兵。旋曹操败袁绍于官渡，亦退。勋返安邑，务农桑、兴政教、劝工商，翦除豪强，收四县所遗匈奴部众，编户齐民，郡中大治。
三年三月，曹嵩卒，曹操与诸曹、夏侯俱赴丧归谯，留勋等守都。将军董承、许耽，议郎吴硕等谋劫汉主，矫诏以讨操，以勋与尚书令荀、御史中丞钟繇为操股肱，议先除之。乱起，耽亲将兵攻勋，勋先有备，聚家人部曲逆之，诛耽。时董承已至德阳殿，要劫汉主，勋率宿卫入宫，与承等交兵殿上，趁机杀之。遂亲执槊柱立殿门，营护汉主，其乱始平。