忽必烈采取汉法管理汉地，破坏了那些蒙古游牧贵族和西域贩子的好处。他在中原声望的日增，在管理陕西、河南过程中大量财力、物力的积聚，又构成了对蒙哥汗权的威胁。
公元1261年农历玄月，阿里不哥颠末一番休整，冒充归顺忽必烈，带领军队前去和林。等达到和林后，他采纳攻击战的体例，击败忽必烈所属的也先哥部，随之占据和林，接着又挥师南下。忽必烈赶快号令张柔、严忠嗣、张宏等七部汉军与阿里不哥军大战于昔木土脑儿之地。两边苦战数日，难分胜负。至冬，阿里不哥率部北撤，忽必烈部南返。第二年春季，阿里不哥带军队进驻阿力麻里地区。因为阿里不哥治军不严，纵兵烧杀劫掠，内部将领互不连合，导致兵力日衰。公元1264年春季，阿里不哥部又闹起饥荒，民怨沸腾，兵士四周逃散。阿里不哥被迫无法，于当年农历七月归降忽必烈，不久后因病死去。
忽必烈同一天下，不但表示了他出色的军事才气，同时表白了他有一套经略中原的政治战略。早在公元1271年农历十一月，他就公开宣布拔除大蒙古国号，取《易经》中“乾元”之义，定国号为“大元”，并且完整采纳了中原历代帝王统治中国的构造情势，从而包管了同一天下战役的最后胜利。跟着南宋的灭亡，一个范围空前、天下一统的封建王朝又呈现在天下的东方，中原数百年的混乱今后结束。
因为蒙古军进入中原之初，停止了赤裸裸的直接劫掠，忽必烈所掌管的漠南地区已是一片萧瑟之地。窝阔台即位以后，情势稍有窜改，他任用耶律楚材停止鼎新，其主旨是以中原地区行之已久的赋税体例来代替旧的蒙古贵族杀掠式的和无穷制的讨取，以便保持在汉地的统治。但是，新政实施不久，因为遭到蒙古贵族的狠恶反对，耶律楚材的鼎新以失利告终。到蒙哥即位前夕，汉地不治的环境更加严峻。即位伊始，蒙哥很有肃除积弊之势，但是因为蒙哥一系列的交战，这些办法很快就崩溃了。并且群众承担越来越重，为了回避债务催逼，人们纷繁流亡，地盘大量荒凉。
忽必烈是成吉思汗的孙子，拖雷之子，蒙哥之弟。成吉思汗归天后，其四子托雷曾临时担负监国，后由拖雷之兄窝阔台继汗位，即太宗。太宗身后，将汗位转给托雷之子蒙哥，即宪宗。忽必烈则为藩王。在太宗担负汗位时，忽必烈就已闪现出与其他皇室后辈的分歧之处，他常常同中原汉族士大夫、有识之士集会联络，谦虚向他们就教治国方略。在忽必烈的四周垂垂构成了一个汉儒幕僚个人，使得他的治国思惟朝着分歧于平辈皇子的方向生长。
1251年农历六月，忽必烈之兄蒙哥担当汗位。为了把权力确保在拖雷系家属手中，蒙哥即位以后，就将漠南汉地军国庶事全数拜托给忽必烈掌管。次年，忽必烈又获得关中地区作封地。
这时，偏安江南的南宋小朝廷已完整败北。宋理宗赵昀不睬政事，阎妃受宠乱政，与寺人董宋臣狼狈为奸。他的后继者宋度宗赵禥、恭宗赵更是昏庸无能，横征暴敛，使江南群众受尽了磨难。