东晋第七位天子，成帝子、哀帝同母弟，废帝司马奕于365年即位。桓温把握朝政，且桓温也成心废掉司马奕自即位为天子，在位5年被大将军桓温废为东海王，又贬为海西公，搬家吴县。以后司马奕心灰意冷，提心吊胆、轻易偷生，沉迷于酒色至死。桓温改立新帝后，开端谗谄一些政见与他分歧的皇族和大臣，将殷、庾两大强族的权势削除殆尽。
晋皇族后嗣琅琊王司马睿在贾前期间无兵无权，为避杀身之祸，他采纳恭俭让步的目标，尽量制止卷入斗争的旋涡。在洛阳，司马睿与出身于北方甲等士族的琅邪王氏王导交友密切，在王导的建议下渡江至建邺，并且死力交友江东大族。贪婪残暴、荒淫腐朽的西晋司马皇室被胡人亡国后，皇室贵族们狼狈不堪地逃到南边。司马睿在建邺（称帝后改称建康，即南京）称帝，史称东晋。
东晋第十位天子，孝武帝司马曜宗子，安帝司马德宗。第一次在位是397~403年，第二次在位是404年~终。安帝继位时，东晋天子的职位已经大大降落，朝外很多将军实际上自主，不受君命，朝内的权力也常常落在大臣手中。安帝的智力有点题目，说话不太利索，连夏季与夏天的辨别都认不出来，是以朝廷的权力实际上完整由当朝大臣把握。安帝初期朝廷政策首要由（会稽王）司马道子主持。隆安元年（397年），尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子，图谋减弱各方镇，引发青、兖二州刺史王恭不满而起兵，桓玄遂鼓动荆州刺史殷仲堪呼应王恭，朝廷害怕，故杀王国宝、王绪以息事宁人。隆安二年（398年），桓玄向朝廷求为广州刺史，司马道子任命其为督交、广二州军事、广州刺史，桓玄受命后却不到职。豫州刺史庾楷又因不满其辖区被割予江州，是以以讨伐司马道子亲信谯王司马尚之、江州刺史王愉的借口再度举兵，更联同了荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓温之子桓玄及南郡相杨佺期，并再推王恭为盟主。司马元显受命为征讨都督、假节，率领王珣、谢琰、司马尚之等对抗，王恭因其北府兵出身的部将刘牢之叛归朝廷而兵败被杀，桓玄等人退兵。朝廷为表安抚，乃任命大家官职，而以桓玄为江州刺史（首府浔阳，今江西九江）。桓玄、殷仲堪、杨佺期等三人惊骇朝廷讨伐，固然相互间已生猜忌之心，但不得分歧作自保，是以于浔阳正式缔盟，桓玄因其家世名誉而被推为盟主，遂更加高傲。当时东晋的局势，朝廷内有司马道子、司马元显父子接踵擅权，外有桓玄等三人与刘牢之、司马尚之盘据，而京师建康（今江苏南京）以南一带，更加变民孙恩占有，海内大乱。隆安三年（399年），桓玄毁灭荆州刺史（首府江陵，今湖北江陵）殷仲堪、雍州刺史（首府襄阳，今湖北襄阳）杨佺期二人权势，尽占长江中游一带。400年孙恩从海岛登岸打击会稽，401年攻浃口、临海、广陵，晋军多次败北。朝廷不得已乃任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁、江八州及扬、豫八郡诸军事、后将军、荆、江二州刺史、假节。402年孙恩封闭建康，城内饥荒。东晋在临时压抑孙恩的权势后，权臣司马元显决定肃除桓玄，以手握晋军精锐北府兵的将领刘牢之为前锋都督出兵讨伐，但是刘牢之唯恐毁灭桓玄后，不能被司马元显所容，又筹算假借桓玄的力量以撤除当政者，本身再趁机夺权，是以不战而降。桓玄遂顺利东下，进入建康，杀司马元显。不久，并消弭刘牢之的兵权，刘牢之是以企图叛变，事败自缢。桓玄更矫诏以任命本身为太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，完整掌控国政，随即又接连诛杀北府将领，以肃除其权势。402年安帝亲征桓玄，但数次败北。桓玄自封为丞相、太尉。同年孙恩为临海太守辛景所败，他杀身亡。403年（402年十仲春庚申）桓玄杀司马道子，今后成为东晋的主宰者。他于同年秋又自号楚王、大将军，随即篡位，改国号为“楚”，史称“桓楚”，贬安帝为平固王。以北府旧将刘裕为首的数名将领举兵讨伐桓玄，桓玄军队大败。桓玄挟安帝逃往江陵，安帝复辟为天子。但6月桓玄的将军桓振攻陷江陵，安帝又被俘。409年刘裕开端北伐，攻南燕，屡战屡胜，南燕灭亡。广州刺史卢循背叛后在交州被刺史杜慧度杀死。刘裕在朝中独掌大权，架空和毒害与他反面的大臣，矫安帝诏以令外埠刺史。