伴跟着变异的生物发源学说从地理的漫衍来看，所碰到的难点是非常费事的。不异物种的全数个别、不异属或乃至更初级的群的全数物种都是传自于不异的先人，因此，目前它们不管活着界上多么悠远的与相互断绝的地点被发明，它们必定是活着代不间断的过程中从某一地点迁徙至全数其他地点的。这是如何产生的，乃至凡是连猜也猜不到。
地球上现存生物与灭尽生物之间，还包含诸持续期间内灭尽物种与更加陈腐的物种之间，均有非常多连接的链条已绝迹。遵循该学说，何故在各个地质层中没能填满此等链条范例呢？何故有关生物范例的逐步级进和窜改，化石遗物的每次汇集均未赐与明显的证据呢？即便地质学说的研讨相称必定地揭露了曾经一度存有的很多链条，让非常多的生物范例更抓紧密地接连起来，但是它所供应的之前物种与现存物种之间的无尽头多的藐小级进且不成以满足该学说的要求；这是反对此学说的相称多贰言中的最光鲜的贰言。别的，何故整群的近似物种仿佛是偶尔呈现在不间断的地质诸阶段当中呢？（即便这凡是是一种假象）。即便当今我们体味，早在寒武纪底层堆积之前的某个没法计量的极其陈腐期间生物就呈现在这个天下上了，但是我们何故没发明庞大的地层含有寒武纪化石的先人遗骸在该体系之下呢？因为，遵循此学说，活着界汗青上的这般陈腐的与完整未知的期间里，如许的地层必定已经在某个处所堆积了。
我不否定，有相称多明显的贰言能够用来反对伴跟着变异的生物发源学说，此学说的按照是变异与天然挑选。我曾经极力地让这些贰言能够尽量阐扬其力量。较之庞大的器官与本能的完美并不仰仗超出于、乃至类似于人类理性的路子，倒是仰仗对于个别无益的非常多的藐小变异的堆集，开初看来，无任何东西比这更让人难以信赖的了。即便如许，这固然在我们的设想中仿佛是一个难以降服的大难点，但是我们一旦承认上面的命题，这就不是一个与究竟符合的难点，这些命题是：体制的统统部分与本能起码表现出个别差别--保存斗争使得布局上或本能上对偏差得以保存无益--最后，在各个器官的完美化的状况中有很多品级存在，各个级都无益于它的种类，我想这些命题的精确性是无可争议的。
有两类平行的究竟仿佛对物种初次杂交的不育性和它们杂种后代的不育性提出了非常多的申明。一方面，有很好的来由能够让我们信赖，糊口前提的藐小窜改会供应全数生物以生机与能育性。我们还晓得不异变种不一样的个别之间的杂交及不不异的变种之间的杂交能使得它们后代数量增加，且必定会让它们的大小与生机增加。其关头是因为停止杂交的范例之前在多少存在着差别的糊口前提下透露；因为曾经我遵循一系列艰苦的尝试肯定了，倘若不异变种的统统个别在某些世代中都处于划一的前提下，则杂交所带来的好处常常会大减乃至完整消逝，这是究竟的一面。
固然，就连猜想一下很多器官是经过甚么样的中间级进而成熟与完美的，也相称有困难，特别对于已经大量绝迹了的、间断的、式微的生物群来讲，更是如许；但是我们看到大天然中有如此多独特的级进，因此当我们说统统器官或本能，又或是全部布局不成以由很多级进的步调而达到目前的状况时，必须相称的谨慎。我们得有很多难办的事例可用来反对天然挑选学说，此中最奇特的一个就是同一蚁群中存在两三种工蚁也就是不育雌蚁的明显品级；但是，我已经诡计申明过这些难点是如何获得处理的。