御史大夫官既罢，议者多觉得古今异制，汉自天子之号下至佐史，皆分歧于古，而独改三公，职事难清楚，无益于治乱。因而朱博奏言：“故事：选郡国守相高第为中二千石，选中二千石为御史大夫，任职者为丞相；位次有序，以是尊圣德，重国相也。今中二千石未更御史大夫而为丞相，权轻，非以是重国政也。臣愚觉得大司空官可罢，复置御史大夫，禀承旧制。臣愿极力以御史大夫为百僚率！”上从之。夏，四月，戊午，更拜博为御史大夫。又以丁太后兄阳安侯明为大司马、卫将军，置官属；大司马冠号仍旧事。
建平二年丙辰，公元前五年春，正月，有星孛于牵牛。
上使使者召丞相平当，欲封之。当病笃，不该召。室家或谓当：“不成强起受侯印为子孙邪？”当曰：“吾居大位，已负素餐责矣。起受侯印，还卧而死，死有馀罪。今不起者，所觉得子孙也！”遂上书乞骸骨，上不准。三月，己酉，当薨。
天下多冤王氏者。谏大夫杨宣上封事言：“孝整天子深惟宗庙之重，称述陛下至德以承天序，圣策深远，恩德至厚。惟念先帝之意，岂不欲以陛下自代，阿谀东宫哉！太皇太后春秋七十，数更哀伤，敕令支属引领以避丁、傅，行道之报酬之陨涕，况于陛下！时登高了望，独不惭于延陵乎！”帝深感其言，复封成都侯商中子邑为成都侯。
朱博又奏言：“汉家故事，置部刺史，秩卑而赏厚，咸劝功乐进。前罢刺史，更置州牧，秩真二千石，位次九卿；九卿缺，以高第补；此中材则苟自守罢了。恐服从陵夷，奸轨不由。臣请罢州牧，置刺史仍旧。”上从之。六月，庚申，帝太后丁氏崩，诏归葬定陶共皇之园，发陈留、济阴近郡国五万人穿复土。
上欲封傅太后从父弟侍中、光禄大夫商，尚书仆射平陵郑崇谏曰：“孝整天子封亲舅五侯，天为赤黄，昼昏，日中有黑气。孔乡侯，皇后父，高武侯以三公封，另有人缘。今无端欲复封商，坏乱轨制，逆天人之心，非傅氏之福也！臣愿以身命当国咎！”崇因持圣旨案起。傅太后大怒曰：“何有为天子乃反为一臣所颛制邪！”
傅太后又自诏丞相、御史大夫曰：“高武侯喜附下罔上，与故大司空丹同心背畔，放命圮族，不宜奉朝请，其遣就国。”
傅太后怨傅喜不已，使孔乡侯晏风丞相朱博令奏免喜侯。博与御史大夫赵玄议之，玄言：“事已前决，得无不宜？”博曰：“已许孔乡侯矣。匹夫相要，尚相得死，何况至尊！博唯有死耳！”玄即答应。博恶独斥奏喜，以故大司空汜乡侯何武前亦坐过免就国，事与喜类似，即并奏：“喜、武前在位，皆无益于治，虽已退免，爵土之封，非所当也。皆请免为庶人。”上知傅太后素尝怨喜，疑博、玄承指，即召玄诣尚书问状，玄辞服。有诏：“左将军彭宣与中朝者杂问”，宣等奏劾“博、玄、晏皆不道，不敬，请召诣廷尉诏狱”。上减玄极刑三等；削晏户四分之一；假谒者节召丞相诣廷尉，博他杀，国除。
夏，四月，丁酉，王嘉为丞相，河南太守王崇为御史大夫。崇，京兆尹骏之子也。嘉以时政苛急，郡国守相数有变动，乃上疏曰：“臣闻圣王之功在于得人。孔子曰：‘材难，不其然与！’故继世立诸侯，象贤也。虽不能尽贤，天子为择臣、立命卿以辅之。居是国也，累世尊敬，然后士民之众附焉。是以教养行而治功立。今之郡守重于古诸侯，往者致选贤材，贤材可贵，拔擢可用者，或起于囚徒。昔魏尚坐事系，文帝感冯唐之言，遗使持节赦其罪，拜为云中太守，匈奴忌之。武帝擢韩安国于徒中，拜为梁内史，骨肉以安。张敞为京兆尹，有罪当免，黠吏知而犯敞，敞收杀之，其家自冤，使者覆狱，劾敞贼杀人，上拘系不下，会免；逃亡十数日，宣帝征敞拜为冀州刺史，卒获其用。宿世非私此三人，贪其材器无益于公家也。孝文时，吏居官者或宗子孙，以官为氏，仓氏、库氏则堆栈吏以后也；其二千石长吏亦安官乐职，然后高低相望，莫有轻易之意。厥后稍稍变易，公卿以下传相促急，又数改更政事，司隶、部刺史举劾苛细，发扬阴私，吏或居官数月而退，送故迎新，交叉门路。中材苟容责备，下材怀危内顾，壹切营私者多。二千石益轻贱，吏民慢易之，或持其微过，增加成罪，言于刺史、司隶，或上书告之。众庶知其易危，小得志则有离畔之心。前山阳亡徒苏令等纵横，吏士临难，莫肯伏节死义，以守、相威权素夺也。孝整天子悔之，下圣旨，二千石不为故纵，遣使者赐金，尉厚其意，诚觉得国度有急，取办于二千石；二千石尊敬难危，乃能使下。孝宣天子爱其善治民之吏，有章劾事留中，会赦壹解。故事：尚书希下章，为滋扰百姓，证验系治，或死狱中，章文必有‘敢告之’字乃下。唯陛下留意于择贤，记善忘过，容忍臣子，勿责以备。二千石、部刺史、三辅县令有材任职者，情面不能不有过差，宜可阔略，令极力者有所劝。此方今急务，国度之利也。前苏令发，欲遣大夫使逐问状，时见大夫无可使者，召眛厔令尹逢，拜为谏大夫遣之。今诸大夫有材能者甚少，宜豫畜养可成绩者，则士赴难不爱其死。临事匆急乃求，非以是明朝廷也。”嘉因荐儒者公孙光、满昌及能吏萧咸、薛修等，皆故二千石驰称呼者，天子纳而用之。